Bonjour,

C'est une conséquence de la définition du pH :
pH = - log [H3O]⁺

Quand [H3O]⁺ augmente, log [H3O]⁺ augmente et bien sûr - log [H3O]⁺ diminue.

Mais comment pourrait-on expliquer cela à l'échelle des molécules?

Il n'y pas d'explication au niveau moléculaire.

On aurait pu, par exemple, se contenter de la concentration en ions H₃O⁺ pour qualifier l'acidité d'une solution.
Ce choix aurait été peu commode car ces concentrations ont une très vaste étendue.
L'échelle logarithmique réduit considérablement cette étendue puisque quand une concentration en ion H₃O⁺ est multipliée par 10 le pH ne varie que d'une unité.

Bien sûr on aurait pu définir le pH par pH= + log [H₃O⁺]  et dans ce cas le pH aurait augmenté avec l'acidité.
En revanche les solutions étant très majoritairement de concentrations inférieures à 1 mol/L la plupart des pH auraient été négatifs.
Ainsi une solution de concentration en ions  égale à 10^-3 mol/L aurait eu un pH de -3 et une solution 10 fois plus concentrée aurait eu un pH plus grand et égal à -2 car en effet -2 > -3

Pour rendre les pH positifs, plus commodes à manipuler, a donc été proposée à la fin du 19e siècle la définition pH = - log H₃O⁺ qui va impliquer que plus une solution est acide, plus son pH est petit