Salut !
Et bien tout simplement l'énergie potentielle microscopique découle des interactions entre les molécules donc pas d'interaction, pas d'énergie potentielle !
Si tu flottais tout seul dans l'espace avec rien autour de toi, mais alors strictement rien, ton énergie potentielle serait nulle, c'est à peu près la même idée...

il y a toujours ce fil que j'arrive pas à assimiler:" l'énergie potentielle microscopique découle des interactions entre les molécules", au niveau microscopique, pourquoi ne pas considérer l'énergie potentielle gravitationnelle pour chaque particule ?

Le problème c'est que l'énergie potentielle gravitationnelle dépend de la masse des molécules qui est comme tu le sais très, très petite. Cette énergie est donc bien négligeable devant leur énergie cinétique.

N'oublie pas que c'est une hypothèse de calcul et de raisonnement qui simplifie grandement les choses, alors si des petites choses te semblent étranges c'est normal.
C'est un modèle qui sous entend certaines hypothèses ...