Un atome n'est pas une "sphère dure" : les électrons gravitent à une très grande distance du noyau et entre les deux il n'y a que du vide. C'est la présence de ce vide qui fait qu'on parle de structure lacunaire : il y a des "trous", du vide.

C'est justement ce que je viens de faire!
L'atome a une structure lacunaire car à part son noyau, il est constitué de vide et de quelques électrons, de taille et masse infime par rapport à l'atome en lui-même.