Un noyau d'atome est constitué de protons et de neutrons.

On connait la masse d'un proton isolé et on connait la masse d'un neutron isolé.

Si on fait la somme des masses des protons et des neutrons contenus dans un noyau d'atome , on trouve une valeur supérieure à la masse du noyau.

Dit autrement :

La masse d'un noyau d'atome est plus petite que la masse de ses constituants (protons et neutrons).
Cette différence de masse est appelé le "défaut de masse" du noyau de l'atome

Cela est de prime abord perturbant (que "La masse d'un noyau d'atome est plus petite que la masse de ses constituants")
Cela s'explique via la relation d'Einstein E = m.c²

Quelques explications (sans trop de rigueur) :

Les protons sont chargés positivement, et donc des protons se repoussent électriquement (puisque ils portent des charges de même signe)
Et malgré cette force qui tente d'écarter les protons d'un noyau, ce noyau "n'explose pas" ...
C'est parce que une autre force les empèche d'exploser, c'est une des forces fondamentales de la Physique qu'on nomme "force forte" ou "interaction forte".
Il faut de l'énergie pour maintenir la cohésion du noyau, cette énergie est appelée "énergie de liaison du noyau".
Et si on calcule l'équivalent masse de cette énergie par la relation d'Einstein E = m.c² ... on trouve un équivalent masse qui a précisément la valeur du "défaut de masse" du noyau.

Donc, si on a un noyau avec Z protons et (A-Z) neutrons , on a :

Masse de ce noyau = Z * (masse de 1 proton) + (A - Z) * (masse de 1 neutron) - (Equivalent masse de l'énergie de liaison)
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Voir par exemple sur ce lien :

Ce qui précède explique comment cela fonctionne mais certainement pas pourquoi ... cela personne ne le sait.

Les théories physiques expliquent COMMENT les phénomènes se passent mais jamais POURQUOI.
Donc si tu ne comprends pas pourquoi c'est ainsi, c'est normal, nul ne le sait.

Vola une réflexion du grand Physicien Feynman qu'il faut méditer :